Il carcere di San Giovanni in Monte, nel centro di Bologna, è il luogo che più di ogni altro rappresenta la repressione della contestazione. Davanti al carcere si formano cortei e presidi per chiedere la liberazione degli arrestati durante le contestazioni. Il 21 maggio 1967 sono arrestate undici persone, in maggioranza studenti, in occasione di scontri con la polizia durante una manifestazione contro l’intervento americano in Vietnam. Il 2 ottobre 1968 vengono arrestati tre universitari e un liceale in occasione della contestazione del congresso dei medici del lavoro. Il 5 marzo 1969 si verificano scontri durante uno sciopero alla fabbrica Longo, viene arrestato uno studente, mentre altri sei e un’operaia verranno arrestati successivamente. Il 26 marzo si svolge uno sciopero generale, indetto dalla sola Cgil, in solidarietà con gli arrestati, con manifestazione davanti al carcere, mentre il 1° aprile manifestano gli studenti medi. Il Consiglio comunale approva una mozione che chiede il disarmo delle forze di polizia in servizio di ordine pubblico e la liberazione dei giovani arrestati. La contestazione avviene anche all’interno del carcere: dal 9 all’11 gennaio 1969, i detenuti conducono uno sciopero della fame contro le condizioni carcerarie e per la riforma delle norme di procedura penale. Un altro sciopero della fame è indetto il 1° dicembre 1969, per chiedere la riforma del codice penale, di quello di procedura penale e del regolamento carcerario.